У Природњачком музеју данас се чува 121 збирка са преко 1,6 милиона примерака стена, минерала, фосила, биљака, гљива, животиња, ловачких трофеја и ловачког оружја. Збирке представљају огромну научну и културну базу, а у оквиру њих се налази неколико стотина холотипова и уникатних примерака минерала, стена, ботаничких и зоолошких предмета, по чему је музеј посебно значајан. 

Природњачком музеју је 1972. године припојен Музеј шумарства и лова, са својим збиркама ловачких трофеја и ловачког оружја, а 1992. године зграда на Малом Калемегдану постаје Галерија у којој се поред изложби одржавају научна и стручна предавања, промоције, трибине и семинари.

Природњачки музеј је 2013. године добитник престижне награде „Михаило Валтровић“ за изузетне резултате остварене у стручном раду, а 2016. Музеј је одликован је Сретењским орденом другог степена.  Током године Галерију на Калемегдану посети преко 33 000 посетилаца, а бројнe изложбе у музејима широм Србије обиђе преко 100 000 посетилаца.